Confeccionado con motivo de la erección canónica de la Cofradía es de forma rectangular con la parte inferior en ondas de ángulos rectos. Va ribeteado todo el estandarte con cordón trenzado de color granate. Se compone de lana no tratada con productos químicos. En el anverso lleva en su interior el escudo en terciopelo rojo de forma triangular. En su interior el cáliz en relieve y bordado en hilo dorado con perlas en su base. En el interior aparece la Sagrada Forma con el anagrama JHS y la Cruz y en los laterales las letras en dorado S.E. Por encima lleva la leyenda COFRADÍA en letras blancas. Se disponen en el resto del campo decorativo cruces griegas en color rojo.
En el reverso encontramos el mismo escudo triangular, que lleva en su interior la Cruz desnuda en negro con la Sábana Blanca y la leyenda INRI. El escudo lleva las siguientes leyendas en blanco: por encima de la Cruz, AVE en el vértice opuesto O CRVX SPES VNICA. En el fondo blanco los mismos motivos de cruces griegas en rojo y con la leyenda superior centrada de dos líneas INDAUCHU / NTRA. SRA. DE BEGOÑA.
De ambos laterales cuelgan dos cordones trenzados en color granate cuyo extremo se remata con borla del mismo color.
Por su representación este estandarte figurará siempre en lugar preeminente en los actos en que la cofradía participe.
ESTANDARTE DE ANTIGUOS ALUMNOS
Representa el inicio de su andadura como Cofradía vinculada a la Vera Cruz. Su forma es rectangular disponiéndose los adornos de manera vertical. El remate inferior es ondulado con ribete de flecos dorados y dos borlas doradas una en cada parte interior de las ondas. El anverso está compuesto por un óvalo de raso rojo ribeteado en dorado y con leyenda en su interior, en dorado, ANTIGUOS ALUMNOS * AVE SANCTA VERA CRUZ * JESUITAS INDAUCHU. En el interior sobre fondo azul cielo, aparece una cruz en negro adornada con la Sábana Blanca. Se apoya en un globo terráqueo marrón claro en el que figuran los meridianos y paralelos en dorado. El óvalo lleva en su parte inferior en forma de granada, el escudo de los Loyola, sobre fondo de damero blanco y negro los lobos y el caldero en negro. Todo ello confeccionado en raso excepto la cruz y los lobos con el caldero que son de terciopelo negro. Se remata el exterior del óvalo con adornos vegetales de rosas en los extremos superiores y en la parte inferior realizados en bordado de hilo dorado.
En el reverso se aprecian las letras JHS partiendo una Cruz desde la «H», y por encima la leyenda, COFRADÍA DE LA SANTA EUCARISTÍA. El adorno y las letras son en rojo.
PENDOLETA
La pendoleta de la cofradía es una insignia de gran tamaño con forma de V invertida. Tiene fondo blanco con bordes rojos.
En la parte superior y en color rojo se dispone el logo moderno en forma de cruz de los jesuitas, bajo el cual aparece la palabra JESUITAK.
En la parte central y con letras bordadas en color plata el nombre de la cofradía: COFRADÍA PENITENCIAL / SANTA EUCARISTÍA.
Finalmente, en la parte inferior, también en letras plateadas pero de un tamaño superior, BILBAO.
BANDERÍN DE BANDA
Esta nueva insignia se estrenó en la Semana Santa de 2014 y representa a la sección de banda dentro de nuestra cofradía. Está enteramente bordado en terciopelo de color blanco, rematado en su parte inferior con flecos dorados.
En la parte superior lleva bordado en letras doradas BANDA CC TT, debajo aparece bordado el escudo de nuestra cofradía, y bajo éste también bordado en letras doradas SANTA EUCARISTIA / BILBAO. Bajo estas letras aparecen unos adornos dorados con piedras rojas.
El banderín es portado por un asta de plata con vara realizada mediante cañas repujadas. La terminación superior del asta consta de una macolla sobre la cual culmina una punta de lanza.
CRUZ DE GUÍA
La cruz de guía de nuestra cofradía procesionó por primera vez en la Semana Santa de 2014. Esta nueva insignia es la encargada de abrir nuestra procesión de Jesús Atado a la Columna y Nuestra Señora de la Amargura el Sábado de Pasión.
Se trata de una cruz latina realizada en madera barnizada con aristas y cantoneras en metal plateado. En la intersección del stipes (brazo vertical) con el patibulum (brazo horizontal) se encuentra el escudo de la cofradía serigrafiado en plata. También en plata cuatro destellos clásicos que arrancan de los ángulos de la intersección. La cruz está rematada en su parte superior por la leyenda INRI.